Ecuador en el siglo XVI, la conquista española y el papel de Quito en el Virreinato del Perú
Como bien se sabe, Colón descubrió América en 1492 gracias a una expedición que le otorgó la reina Isabela I la Católica. La conquista del Caribe inició aquel año y desde el Caribe se empezaron a hacer expediciones. Fue por el año 1498 que los españoles llegaron a Tierra Firme, un nombre genérico dado a las tierras del norte de Sudamérica, más concretamente lo que hoy es Colombia, Panamá, Venezuela y Ecuador.
En Tierra Firme surgieron entidades administrativas que variaron durante los años, fue finalmente en 1514 (mientras los incas tomaban el control del sureste de Ecuador) que se creó Castilla de Oro con el fin de administrar las nuevas tierras. En Castilla de Oro se organizaron importantísimas expediciones, como la expedición capitaneada por Vasco Núñez de Balboa; en los que había indígenas como guías, fue está la expedición del descubrimiento del Mar del Sur (Océano Pacífico) en el istmo de Panamá.
En Castilla de Oro fue que Francisco Pizarro consiguió prestigios y gracias a las exploraciones y expediciones supieron que existía un gran imperio en el sur, por lo que —mientras Hernán Cortes conquistaba México— Pizarro decidió preparase para una expedición, y gracias a la ayuda de colegas como Diego de Almagro; en 1524 organizaron una expedición en busca de aquel reino. Fue en esta expedición de Francisco Pizarro de 1524 que los españoles llegaron a las tierras que hoy conforman Ecuador.
La expedición de Pizarro terminó en un fracaso por lo que se regresó a Panamá (sede administrativa de Castilla de Oro) para organizar una segunda expedición, aquella expedición fue en 1526 que en aquella llegaron a la ciudad de Atacames en donde encontraron tribus con oro y también ese año fundador Esmeralda, pero vino a ser poblada siglos después. En la tercera expedición, en 1528, exploraron las costas ecuatorianas, pero también descubrieron el Imperio Incaico.
La cuarta expedición fue muy bien planeada y establecida en la Capitulación de Toledo de 1529, pues tenían pensado conquistar el imperio. Tras partir de Panamá con más de 200 soldados españoles y un millar de indígenas llegó a Machala (ciudad de Ecuador) que hacía parte del Imperio Incaico y de donde iniciaría su camino hacia el Perú.
Mientras estos pasaban, la guerra civil incaica no paraba; Atahualpa seguía en guerra con su hermano Huáscar. Había reunido un ejército en Quito y Tumbes y había hecho campañas por el Ecuador, pero fue herido en un enfrentamiento en Puná (donde Pizarro después tuvo un enfrentamiento, la Batalla de Puna); por lo que sus planes cambiaron. Decidió atacar y fue vencido por su hermano en la batalla de Chillopampa, pero fue él vencedor, tras varias batallas siendo ganador gracias a sus generales Quizquiz y Chalcuchímac, en las de Huanacopampa o Cotabamba. Aquí terminó con la guerra civil incaica con Atahualpa como el vencedor.
La historia de Huáscar no terminó aquí, ya que fue apresado y luego asesinado por los hombres de Atahualpa cuando los españoles llegaron y capturaron a este último. Los españoles terminaron poniendo a los otros hermanos en el trono para dominarlos como títeres. Finalmente, tomaron el control del imperio y establecieron la capital en Lima, cerca del océano, atrayendo a españoles y hombres para dominar tierras en el Nuevo Mundo.
Perú ya había sido conquistado al año 1533. Al siguiente año fue que Pedro de Alvarado llegó con 400 hombres y algunas mujeres y (se cree) que fundaron la ciudad de San Pablo de Manta. Ese mismo año Diego de Almagro fundó Riobamba (que vino a ser poblada tiempo después, pues, hacía de un cabildo de Quito) y el 6 de diciembre ya fundó Quito que lo gobernaría Sebastián de Balcázar.
Sin embargo, surgió una guerra civil entre españoles conquistadores, los del bando de Francisco Pizarro y los Bandos de Diego de Almagro que se extendería más de diez años. Fue en 1534 que se levantó el Palacio de Pizarro; a igual que la Catedral metropolitana de Quito.
Portoviejo fue fundada en 1535 por Diego de Almagro también, esta fue poblada antes que las otras. A partir de aquí se fundaron varias ciudades por el Ecuador como Babahoyo y Guayaquil que constantemente fueron trasladadas. Pronto estas ciudades fueron pobladas por españoles y se establecieron misiones e iglesias para cristianizar a los inicios. Por estos años se fundó Macas y se descubrió el río Amazonas y las islas Galápagos (la Unesco declaró a las islas Galápagos como Patrimonio Natural de la Humanidad en 1979 por sus especies únicas) mientras se conquistaban nuevas tierras en Azuay.
Se estableció en 1542 el Virreinato del Perú por el rey y emperador Carlos I de España, además impuso las Nuevas Leyes de Indias que fueron inspiradas por Bartolomé de las Casas. Entonces las ciudades fundadas pasaron a ser parte del Virreinato del Perú. Quito se convirtió en un punto estratégico y de importancia. También Quito fue escenario de la guerra civil entre almagristas y pizarristas, por ejemplo, cerca de Quito murió Blasco Núñez Vela, su muerte sucedió Batalla de Iñaquito, en el contexto de la Gran Rebelión de Encomenderos, una rebelión de españoles que no estaban de acuerdo sobre los derechos de los indios.
En 1545, durante la guerra, se estableció la Diócesis de San Francisco de Quito. Descubrieron que la región era rica en recursos minerales, lo que llevó a la explotación de los indígenas y la importación de esclavos africanos para trabajar. La industria textil del virreinato tuvo a Ecuador como su principal centro desde sus inicios hasta las independencias. En 1546, Alonso de Mercadillo fundó Loja, seguido por Baeza en 1548. Ese mismo año se estableció el corregimiento de Quito y posteriormente el de Guayaquil, Cuenca y Loja, con el objetivo de mejorar la calidad de vida en la región. Se designaron alcaldes, concejales, administradores, fiscales y tesoreros para las nuevas tierras, y se estableció un cabildo. Durante la década de 1550, se fundaron ciudades como Quijos, Logroño, Valladolid, Loyola, Archidona y la importante Cuenca.
En 1563 el rey de España, ahora Felipe II, dictó una nueva orden (real cédula), la creación de la Real Audiencia de Quito, una entidad administrativa de justicia dedicada a las zonas cerca de Ecuador, en ese entonces se le denominó Gobernación de Quito. Esta entidad absorbería el Corregimiento de Quito bajo su administración.
Hernando de Santillán y Figueroa fue el primer gobernador e hizo mucho por los indígenas, pues notó un mal trato por parte de los encomenderos. Lope Díez de Aux y Armendáriz, por su parte hizo mucho por pacificar las zonas. Pedro García de Valverde y Diego de Narváez no tuvieron tantos problemas en su gobierno. Por estos años se creó el corregimiento de Cuenca. Además, es de estos años el Palacio de Carondelet y la Universidad de San Fulgencio, regentada por los hermanos Agustinos, empezó a funcionar en 1586.
Manuel Barros de San Millán tomó el cargo en 1587, pero un terremoto dejó gastos perjudiciales en la Real Hacienda de Quito, esto trajo la rebelión de Alcabalas, por lo que se empezó a decir que Quito era una zona no muy conveniente para el virreinato, pero la verdad era que los administradores se habían aprovechado en corrupción. Fue con la aprobación del rey que se empezó a imponer la alcabala en las ciudades de Cuenca, Loja y Guayaquil, Latacunga y luego Quito; y así terminó el siglo XVI en Ecuador.